時宗じしゅうの寺院で、本尊の薬師如来やくしにょらいは国の重要文化財に指定されています。南北朝時代、
後醍醐ごだいご天皇が兵庫津ひょうごのつに滞在したとき、このお寺の霊水を飲み、病から回復したことから、薬仙寺とよばれるようになりました。また、境内には、平清盛たいらのきよもりが後白河ごしらかわ法皇を幽閉したと伝わる、萱御所かやのごしょ跡の碑があります。